Allende, Şili büyükelçisi Tomás Allende nin kızı olarak Lima, Peru da doğdu. Annesi Francisca Llona Barros tur. Şili nin 1970 ile 1973 yılları arasında cumhurbaşkanı olmuş Salvador Allende nin de yeğenidir. 1945 de annesiyle babası ayrıldı ve annesi Santiago, Şili ye üç çocuğuyla yeniden yerleşti. Annesi diplomat olan Ramón Huidobro ile evlendi ve 1953 e kadar orada yaşadılar. Üvey babası Bolivya ve Lübnan a diplomat olarak atandı. Isabel Allende Bolivya da Amerikan özel okulunda, Beyrut, Lübnan da ise İngiliz özel okuluna devam etti. Daha sonra ortaokul eğitimini tamamlamak için tekrar 1958 de Şili ye döndüler.
Şili de ilk eşi Miguel Frías la 1962 yılında evlendi. 11 Eylül 1973 de amcası Şili nin ilk sosyalist başkanı Salvador Allende, general Augusto Pinochet önderliğindeki ordu tarafından devrilip öldürülünce, Allende ailesiyle birlikte önce Karakas Venezuela ya daha sonra San Francisco ABD ye sürgüne gitti.